Noch nicht ganz so populär hingegen sind die Inseln mit ihren wunderschönen Korallenriffen bei den Tauchern. Dank günstiger Meeresströmungen blieben die Riffe von den letzten El Niños weitgehend verschont. Zudem bemühen sich die verantwortlichen Politiker zunehmend um Umweltschutz, indem sie etwa darauf achten, dass nur ein nachhaltiger Fischfang betrieben wird.
Bei den Banda-Inseln, die von verschiedenen Rifftypen umsäumt sind, kommen über 300 Korallen- und mehr als 500 Fischarten vor. Besonders häufig vertreten sind die Steinkorallen-Gattungen Acropora, Montipora, Porites, Pavona, Stylophora, Pocillopora, Echinopora, Fungia und Favia, außerdem Okto- (Heliopora) und Hydrokorallen (Millepora).
Auf den Riffdächern siedeln auch viele Weichkorallen, vorwiegend aus den Genera Sarcophyton, Lithophyton, Lobophytum und Sinularia. An Riffwänden ab zehn bis 15 Metern Tiefe wachsen riesige Schwämme und stattliche Hornkorallen.