Nur ein Filterbakterium ist ein gutes Bakterium
Da Filterbakterien keinen direkten Kontakt zu den Aquarienfischen haben, solange sie im Filter verbleiben, ist ein negativer Einfluss auf Aquarienbewohner (d. h. eine direkte Erkrankung durch Filterbakterien) so nicht möglich. Ganz anders sieht dies im Falle derjenigen Bakterien aus, die sich im freien Aquarienwasser in teils hoher Dichte nachweisen lassen. Sie stehen im direkten Kontakt zu den Fischen und wirken unmittelbar auf die äußeren Schleimhäute, aber auch auf das gesamte Magen-Darm-System ein. Schließlich wird Aquarienwasser bei jedem Fressvorgang zwangsläufig mit aufgenommen und durch den Magen-Darm-Trakt geschleust. Fische haben im Gegensatz zum Menschen keinen Säuremagen, der dem Eindringen unerwünschter Bakterien Einhalt gebieten könnte. Sie müssen also mit den Bakterien buchstäblich (über-)leben, die sich im umgebenden Wasser befinden.
Darum fungieren diese Nesseltiere im Riffaquarium ähnlich wie die Pflanzen in einem Süßwasseraquarium: Das Wasser wird durch ihren Stoffwechsel nicht eutropher, sondern, im Gegenteil, nitrat- und phosphatärmer. Anders könnten die heutigen Riffaquarien mit ihrem flächendeckenden Korallenbestand gar nicht funktionieren. Sind in einem Riffaquarium im Verhältnis zur Menge seiner fotosynthetisierenden Blumentiere zu viele Fische und heterotrophe Wirbellose vorhanden, so lässt sich die daraus resultierende Eutrophierung des Wassers nur mit einem hohen technischen Aufwand kompensieren. Mittels größerer Teilwasserwechsel gelingt dies hingegen kaum, denn die meisten Korallen bevorzugen Nitrat- und Phosphatwerte, die noch unter den Werten künstlichen, frisch angesetzten Meerwassers liegen.
