Laut Erstbeschreibung weist A. panduro nur Ähnlichkeiten zu A. nijsseni und A. payaminonis auf. Die Männchen erreichen eine Standardlänge (ohne Schwanzflosse) von etwa 50 Millimetern, während die Weibchen kaum mehr als 30 Millimeter lang werden. Die Art gehört wohl in den A.-cacatuoides-Komplex, bei deren Angehörigen die Geschlechter nicht nur unterschiedlich gefärbt sind, sondern auch abweichend geformte Flossen besitzen. So sind bei den Männchen die vorderen Rückenflossenstacheln und die ersten Bauchflossenstrahlen deutlich verlängert.
Der Kopf der vergleichsweise hochrückigen Art ist groß, das von auffallend dicken, in den meisten Stimmungslagen gelb gefärbten Lippen umschlossene Maul endständig. Bei den Männchen kann die Oberlippe bläulich getönt sein.
Im Unterschied zu allen bisher bekannten Apistogramma-Arten können Männchen von A. panduro einen großen, schwarzen Fleck auf dem Schwanzstiel zeigen, allerdings ist er nur bei aggressiv gestimmten Tieren zu sehen; mein Männchen zeigte ihn sehr selten. Auch Weibchen können einen solchen Fleck tragen, wenn sie sich unterdrückt fühlen; mein Weibchen zeigte ihn nie.
Die Beschreibung weiterer Einzelheiten des Farbkleids erspare ich mir und dem Leser und verweise auf die Fotos.
